Многие растения можно размножать семенным и/или вегетативным способом. Для каждого из этих способов есть как положительные стороны, так и отрицательные. Так, при семенном размножении теряются генетические свойства материнского растения, необходим длительный период времени до цветения и плодоношения. При вегетативном размножении растений и прививках таких проблем нет, но при получении посадочного материала некоторых видов и сортов растений наблюдается очень низкая эффективность и повышенный риск занесения инфекции.

Преимущества микроклонального размножения по сравнению с вегетативным размножением:

- сохранение генотипа материнского растения

- можно размножить сорта и породы растений, которые плохо размножаться вегетативным способом

- возможность получения растений материнского возраста (для получения фитоэкстрактов);

- возможность получения посадочного материала, свободного от инфекции;

- возможность получения большого количества биомассы для производства фитоэкстрактов;

- возможность получения большего урожая за счёт оздоровления посадочного материала;

- возможность получения жизнестойких саженцев, которые будут обладать иммунитетом к болезням в течение 2-3 сезонов;

- возможность получения большого количества генетически однородного материала в течение небольшого периода времени из минимального количества исходного материала;

- возможность размножения гибридных растений или растений с редкими признаками, которые при семенном размножении могут быть утеряны;

- возможность поставок растений круглогодично;

- возможность размножения растений, которые не дают семенного потомства;

- низкая стоимость посадочного материала.

При помощи маркер опосредованной селекции (МОС), основанной на отборе ценных генотипов растений, совместно с биотехнологическими исследованиями есть возможность сократить во времени селекционный процесс. И выведение новых сортов будет происходить быстрее с меньшими затратами.